Il s’agit d’un traitement utilisé dans les cas où l’embryon a déjà été généré lors d’un cycle précédent (transfert d’embryons cryoconservés), lors de la réception d’embryons donnés ou lors de la génération d’embryons à partir d’un cycle de don d’ovules synchrone.
La préparation de l’endomètre en cycle substitué permet de planifier à l’avance le moment des contrôles endométriaux et du transfert. Contrairement au cycle naturel, le cycle substitué peut être utilisé chez les patientes ayant des cycles réguliers, irréguliers ou non menstruels.