Il s’agit d’un traitement utilisé dans les cas où l’embryon a déjà été généré lors d’un cycle précédent (transfert d’embryons cryoconservés), lors de la réception d’embryons donnés ou lors de la génération d’embryons à partir d’un cycle de don d’ovules synchrone.
La préparation de l’endomètre dans le cadre d’un cycle substitué permet de planifier à l’avance le calendrier des contrôles de l’endomètre et du transfert. Contrairement au cycle naturel, le cycle substitué peut être utilisé chez les patientes ayant des cycles réguliers, irréguliers ou non menstruels.